Περιλαμβάνει δείγματα της βυζαντινής και μεταβυζαντινής εκκλησιαστικής τέχνης: φορητές εικόνες, λειτουργικά και ιερατικά άμφια, ξυλόγλυπτοι σταυροί, ευαγγέλια, δισκοπότηρα, δισκάρια, κοχλιάρια, καθώς και πλήθος άλλων χρηστικών αντικειμένων και αφιερωμάτων.Το Εκκλησιαστικό Μουσείο αποτελείται από 2 ορόφους. Στο πρώτο όροφο έχουμε αναφορά στους Παλαιοχριστιανικούς και Βυζαντινούς Χρόνους και εκτίθενται Ιερά Σκεύη, ενώ στο δεύτερο εκτίθενται Ιερές Εικόνες, Ιερά Άμφια, Παλαίτυπα Βιβλία καθώς και Ιερά Άμφια του Μακαριστού Αρχιεπισκόπου.Ξεχωρίζει σε ειδικό χώρο, το Ευαγγελιστάριο του 11ου αιώνα με 6 μικρογραφίες. Ονομαστή είναι η συλλογή χειρογράφων του μοναστηριού, που αριθμεί περί τους εκατό κώδικες από τον 10ο έως τον 18ο αιώνα.
